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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿机系统化最应见的疫情产品之一。肾组识中CaOx硫化锌过供大于求沉积状会造成肾小管上皮细胞挫伤和凋亡,才能造成肾结石的建成。短链人体油脂酸由胃肠内活性污泥法病毒面团发酵营养膳食氯纶诞生,仅仅在位置胃肠防线中表现角色,特别在机系统化关卡上也表现核心角色。在这其中,丁酸是最丰富多样的短链人体油脂酸,还具有免疫检测能够抑制和免疫检测能够抑制角色,本分析研讨丁酸对CaOx肾结石的角色以及其风险靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院专家泌尿整形科吴忠教学、周子健博后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲师、周子健硕士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱怪物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络信息临床药理学贴心服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

好的文章名号:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客政府部门:华山三甲医院 研发因素:大鼠、HK-2人体细胞 分组名称个人信息:對照组(Con)、模形组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱具备科技:wifi网络药剂学学在线检测

要点流量图

分析数据

设计探讨拜谱生物应先整合大鼠模特,完成生物学生化学指标体系和组织化病理学学复染等设计探讨的方法发现丁酸可能避免CaOx模特大鼠肾CaOx晶状体的转变成和挫裂伤,改善CaOx模特大鼠的炎症病变挫裂伤和腐蚀化学物质的过分把你想表达出来。于此,丁酸还可仰制草酸引诱的HK-2受损人体细胞挫裂伤、腐蚀应激状态和受损人体细胞凋亡。 为实验设计丁酸框架和靶dna网上,学习相关于人员从PubChem获得丁酸和丁酸酯的二维和三维立体框架(图1A)。凭借PharmMapper统计资料库和Uniprot统计资料库治理 后共淘汰出114个丁酸靶dna供进一部解析。将dna数据源库倒入STRING统计资料库,确定PPI网上解析。Cytoscape做出了顺序排列的前20的联络线靶dna的仔细网上图,决定性是包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这种联络线dna与网上中的某些dna均决定性是表现出一定程度的相关于性,详细说明这种dna应该起着协同工效用处。GO和KEGG解析揭露了丁酸联络线dna的相关于方法和生态学学技能(图1C)。联络线dna决定性是与类固醇性雌激素对答、防钝化应激反响性对答、渗透性氧神经元对类固醇性雌激素激起的现象或对偏酸化学上产品的现象相关。综合上面的证实,这种联络线dna决定性是操作了防钝化应激反响性和对渗透性氧的生态学现象阶段,是肾结石建立共识机制中至关决定性的方法,这证实丁酸应该在肾结石中起决定性用处。

图1| 丁酸形式与靶遗传基因在线研究(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进三步经历丁酸对CaOx肾结石真的切靶表观遗传,探索人借助GEO统计资料库对GSE73680中安全差表与CaOx肾结石病号的表观遗传对比对其采取了探索。差表组与CaOx结石病号的有效性对比表答表观遗传(DEGs)检测细则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个表观遗传产生有效转变 ,里面3379个(89.4%)表观遗传表答上涨,404个(10.6%)表观遗传表答下降(图2A)。对DEGs对其采取聚类算法概述法概述,热图屏幕上显示了前10个被选中DEGs的二维分类聚类算法概述法有特点(图2B)。紧接着,探索人依据GeneCards统计资料库人工服务鉴定会了370个几率与CaOx肾结石相应的表观遗传,综合排名前20位的精准预测表观遗传下列不属于相应性評分如下图下图2C下图。以便寻找丁酸开展CaOx肾结石的要素靶点,探索人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应表观遗传处理达到了个Venn图。从而,CYP2C9被确定好为丁酸影向CaOx肾结石的不确定靶点(图2D)。因此,探索人还对其采取了丁酸与CYP2C9的大分子指导,CYP2C9的4个氨基酸等残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸之间用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在根据网临床药理学分析预测CYP2C9是丁酸关系CaOx肾结石的靶什么是基因后,探索人工还在体肿瘤细胞实验报告灵魂存在了CYP2C9可降底草酸成脂的HK-2体肿瘤细胞的ROS平均水平、炎症病变损坏和凋亡。

图2| 半数以上据库协力剖析分析预测CYP2C9是丁酸反应于CaOx肾结石的靶人类基因

论述没想到

本的研究第一步挖掘丁酸在身体外和身上均能仰制CaOx肾结石型号的硫化应激性性和宫颈发炎挤压伤,接下来完成电脑网络上药剂学学筛分达到丁酸引响CaOx肾结石的不确定性靶点——CYP2C9,结果完成组织实验所得知CYP2C9在草酸盐诱导型的HK-2组织ROS级别、宫颈发炎挤压伤和凋亡。这部分挖掘认为丁酸或许完成仰制CYP2C9来仰制CaOx肾结石的硫化应激性性,得到缓解宫颈发炎挤压伤。一项流程中拜谱海洋生物学供应了电脑网络上药剂学学枝术的贴心服务,不仅如此拜谱海洋生物学可改善旺盛期逐步完善的基因组组学、淀粉酶质组学、代谢率组学等两组学品牌及枝术的贴心服务,邀请拨通管理咨询! 分类论文参考文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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